🧬 Коротка новина: сьогодні підтвердилося, що наша команда отримала перший в Австрії набір даних за допомогою найбільш просунутої з чинних технологій для просторової біології (на рівні РНК).

Якщо уявите собі гістологічний слайд, метод дозволяє проаналізувати ділянку 6.5х6.5мм, прочитавши усе РНК, яке потрапило в кожні два мікрометри всередині цієї ділянки. Це дозволяє не лише неймовірно точно дізнатися, в якій клітині експресувалися які гени (і, відповідно, зрозуміти, що це за клітина), а ще й вивчити сусідства цієї клітини, відношення її до структур тканини. Поки що ми не почали аналіз, але я можу собі уявити, що це буде дуже потужним рухом для вивчення клітинних взаємодій (клітини-клітини, клітини-матрикс) при різних хворобах.

Ще декілька фактів:
* Секвенували та користувалися експертизою колег з Core Facilities з MedUni Vienna.
* Двоє з трьох людей, активно залучених в експериментальну частину наразі - українці 🤘
* Зразки я збирав з експлантованих печінок від пацієнтів з цирозом на фоні хвороби печінки, пов'язаною з алкоголем, включених в моє клінічне дослідження у 2022 році.

Сам цей метод, 10X Visium HD, став публічно доступним у січні цього року. Ось тут можна подивитися детальніше. Коштує дорогувато, як на мій погляд, тож може бути гарним застосуванням для рідкісних хвороб/раків в академії (або будь-чого, якщо у вас грант а-ля ERC/NIH).

Якщо раптом працюєте або знаєте когось, хто працює з методом - дайте знати. Спробую в Q3 2024 організувати захід по ньому на платформі Геноміки ЮА.