10 жовтня 1944 року Владика сам відправив до НКВД прохання, в якому просив зняти з нього звання «вільного засланця», дозволити йому поїхати в Росію «і там зайняти єпископську кафедру за призначенням Патріаршого Синоду». Постановою Особової наради при НКВД від 19 травня 1945 року Владику Миколая було достроково звільнено. 5 липня 1945 року постановою Священного Синоду була створена Алма-Атинська і Казахстанська єпархія, керуючим котрою був призначений архієпископ Миколай (Могилевський).Владика прибув до Алма-Ати 26 жовтня 1945 року в день святкування Іверської ікони Божої Матері. Молитовний настрій не залишав Владику і в усі дні його хвороби. У неділю 23 жовтня 1955 року після свого останнього Причастя Святих Христових Таїн, коли монахині в столовій заспівали «Совет превечный…», Владика зі своєї спальні, напружуючи голос, закричав їм: «Матушки, матушки, на цьому поставимо крапку. Тепер почнемо чин поховання єпископа». Спів припинили, але сліз стримати не могли. Особливо напружено та гучно молився Владика в ніч з 23 на 24 жовтня. Можна було розчути його слова: «Господи, не засуди мене, по ділам моїм, але вчини зі мною по милості Твоїй!» Багато разів повторював з глибоким почуттям: «Господи! Милості прошу, а не суду!»25 жовтня 1955 року велелюбна душа владики Миколая тихо і мирно відійшла до Господа. Під час похорону всю дорогу від храму до кладовища (близько 7 км) труну з його тілом віряни несли на руках. За труною, за підрахунками міліції, йшло до 40 000 осіб.